È stato rilasciato il primo modello open-source di tutti gli atomi della proteina “spike” di SARS-CoV-2, il nuovo Coronavirus che causa la malattia COVID-19.
Il virus SARS-CoV-2, nuovo Coronavirus emerso alla fine del 2019 che causa la nota malattia COVID-19, si aggancia alle cellule ospiti da infettare tramite una proteina chiamata “spike” o proteina S.
Ovviamente questa parte del virus è un importante target farmacologico perché inattivarlo significherebbe impedire al virus di agganciarsi alle cellule e quindi di infettarle.
Conoscerne con grande dettaglio la struttura tridimensionale è un tassello fondamentale per testare in silico e poi anche negli esperimenti reali una grande quantità di molecole che potrebbero funzionare e sviluppare quindi vaccini e farmaci antivirali.
Ora un gruppo di ricercatori della Seoul National University in Corea del Sud, dell’Università di Cambridge nel Regno Unito e della Lehigh University negli Stati Uniti, hanno lavoeme e hanno prodotto i primi modelli open-source di tutti gli atomi della proteina S.
Nel video a questo link è illustrato come costruire un sistema di membrane partendo dal modello di proteina S di SARS-CoV-2.
Il programma per la creazione di modelli è open access e può essere trovato dalla home page di CHARMM-GUI facendo clic sul collegamento Archive COVID-19 o facendo clic sul collegamento archivio nell’intestazione, quindi sul collegamento COVID-19 Proteins nella barra laterale a sinistra.
CHARMM-GUI è un programma che simula sistemi biomolecolari complessi in modo semplice, preciso e rapido.
Sviluppato da Wonpil Im, un professore del Dipartimento di Scienze Biologiche e Bioingegneria dell’Università di Lehigh, CHARMM-GUI è un programma che simula sistemi biomolecolari complessi in modo semplice, preciso e rapido. Im lo descrive come un “microscopio computazionale” che consente agli scienziati di comprendere le interazioni a livello molecolare che non possono essere osservate in altro modo. Ulteriori informazioni su CHARMM-GUI sono disponibili nel seguente video.
I nostri modelli sono i primi modelli di proteine SARS-CoV-2 (S) a piena lunghezza completamente glicosilati disponibili per altri scienziati.
Afferma Im che aggiunge:
ho avuto la fortuna di collaborare con il Dr. Chaok Seok della Seoul National University in Corea e il Dr. Tristan Croll dell’Università di Cambridge nel Regno Unito. Il nostro team ha trascorso giorni e notti a costruire questi modelli con molta attenzione dalle note parti della struttura cryo-EM. Il lavoro è stato molto impegnativo perché c’erano diverse regioni in cui la modellizzazione semplice non è riuscita a fornire modelli di alta qualità.
Gli scienziati possono utilizzare i modelli per condurre ricerche di simulazione innovative per la prevenzione e il trattamento di COVID-19.
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