CoproID: quante informazioni dalla cacca sul nostro passato antichissimo!
L’origine delle feci: CoproID prevede in modo affidabile da dove proviene la cacca antica. Un metodo di analisi più automatica e affidabile che permette di scoprire moltissime cose del nostro passato.
La documentazione archeologica è disseminata di feci, una potenziale miniera d’oro per approfondimenti su salute e dieta antiche, evoluzione dei parassiti, ecologia ed evoluzione del microbioma.
Il problema principale per i ricercatori è discriminare le feci sotto esame. Un recente studio pubblicato sulla rivista PeerJ, guidato da Maxime Borry e Christina Warinner del Max Planck Institute for the Science of Human History (MPI-SHH), presenta CoproID, un nuovo metodo di discernimento delle fonti di feci antiche che permetterà di trarre moltissime informazioni dalle paleofeci.
L’apprendimento automatico consente una classificazione affidabile
Dopo migliaia di anni, la fonte di un particolare pezzo di feci può essere difficile da determinare. Distinguere le feci umane e canine per esempio è particolarmente difficile: sono simili per dimensioni e forma, si trovano negli stessi siti archeologici e hanno composizioni simili. Inoltre, i cani erano presenti nei “menu” di molte società antiche e i nostri amici canini hanno la tendenza a scavare nelle feci umane, rendendo problematici test genetici semplici, poiché tali analisi possono restituire il DNA di entrambe le specie.
Per accedere alle informazioni contenute nelle paleofeci, i ricercatori hanno sviluppato il metodo CoproID (identificazione coprolite) che cmbina l’analisi dell’antico DNA ospite con un software di apprendimento automatico addestrato sui microbiomi all’interno delle feci moderne.
Applicando CoproID a set di dati sia recentemente sequenziati sia precedentemente pubblicati, il team di ricercatori dell’MPI-SHH, dell’Università di Harvard e dell’Università dell’Oklahoma sono stati in grado di prevedere in modo affidabile le fonti di feci antiche.
La capacità di classificazione permette di conoscere in maniera più approfondita la salute dell’apparato digerente.
Una scoperta inaspettata del nostro studio è la consapevolezza che la documentazione archeologica è piena di cacca di cane
CoproID potrebbe essere applicato nella scienza forense, nell’ecologia e nella scienza dei microbiomi
afferma la professoressa Christina Warinner, autrice senior dello studio. Ma Warinner si aspetta anche che CoproID abbia applicazioni più ampie, specialmente nei campi della scienza forense, dell’ecologia e delle scienze dei microbiomi.
La capacità di identificare accuratamente la fonte delle feci archeologiche consente di indagare direttamente i cambiamenti nella struttura e nella funzione del microbioma intestinale nel tempo, cosa che i ricercatori sperano possano fornire approfondimenti sulle intolleranze alimentari e una miriade di altre questioni relative alla salute umana.
L’identificazione dei coproliti umani dovrebbe essere il primo passo per l’analisi dell’antico microbioma umano
afferma il primo autore dello studio, Maxime Borry che prosegue
Con ulteriori dati sui metagenomi intestinali di cani rurali non occidentalizzati, saremo in grado di classificare anche feci di cani ancora più antiche.
Man mano che il catalogo di dati sul microbioma umano e del cane cresce, CoproID continuerà a migliorare le sue classificazioni e ad aiutare meglio i ricercatori che ad analizzare paleofeci in una vasta gamma di contesti geografici e storici.
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- CoproID predicts the source of coprolites and paleofeces using microbiome composition and host DNA content (peerj.com)
