RNACOREX al debutto: un software open source che ridefinisce l’analisi dei tumori
Per curare meglio anche un solo paziente e prevenire l'inizio di un tumore si mettono in moto tutti i dati genomici e oncologici del mondo. Questo è RNACOREX, un software open source. Scopriamo di più.
RNACOREX è un software open source con un compito molto importante: ridefinire l’analisi dei tumori attraverso lo studio delle reti di regolazione genica. Il software è stato sviluppato dai ricercatori dell’Università di Navarra, nasce all’interno dell’Istituto di Scienza dei Dati e Intelligenza Artificiale (DATAI).
Al progetto ha collaborato anche il Cancer Center Clínica Universidad de Navarra. Il software è stato validato utilizzando dati relativi a tredici diversi tipi di cancro. A fornire i casi di patologia da analizzare è stato il Cancer Genome Atlas, che raccoglie da anni banche dati genomiche a livello mondiale. I risultati dello studio sono stati pubblicati sulla rivista scientifica PLOS Computational Biology.
Ecco alcune parole dei suoi principali autori. “Comprendere l’architettura di queste reti è fondamentale per rilevare, studiare e classificare diversi tipi di tumore. Tuttavia, identificare in modo affidabile queste reti è una sfida a causa della grande quantità di dati disponibili, della presenza di molti falsi segnali e della mancanza di strumenti accessibili e precisi in grado di distinguere quali interazioni molecolari siano realmente associate a ciascuna malattia”, afferma Rubén Armañanzas, responsabile del Laboratorio di Medicina Digitale di DATAI.
RNACOREX verrà distribuito con GitHub e PyPI, RNACOREX, sarà importante per la medicina di precisione, tanti altri sviluppi sono in corso
RNACOREX analizza simultaneamente migliaia di molecole e individua interazioni che sfuggono alle analisi tradizionali. Lavorando su grandi quantità di reti, riesce a diagnosticare la progressione dei tumori, consentendo una risposta rapida e anticipatoria tra cure e terapie. Il punto di forza del software è lavorare con un database internazionale ricco di dati genetici reali. Questo consente di ridurre i falsi segnali ma, soprattutto, di rendere lo strumento utile a livello globale.
Il software verrà distribuito come open source su GitHub e PyPI, RNACOREX. È destinato ai laboratori di ricerca, nonostante una progettazione che lo rende facilmente utilizzabile. Come tutti i software medici, ha grandi prospettive, verranno quindi sviluppate altre funzionalità, capacità di analisi e interazioni geniche. Diventerà uno strumento importante per la medicina di precisione e computazionale.
