Quando un batterio passa al lato oscuro #LegaNerd

Questo articolo (leggetelo ora, altrimenti non capirete il resto del post) dei nostri amici giornalisti professionisti mi ha ispirato questo postino.

Nelle innumerevoli quarzate dell’articolo sopracitato, oltre l’immagine puramente inventata che nulla ha a che vedere con il protagonista dell’articolo, mi ha sconvolto la definizione fatta a caso del patogeno:

”Il batterio responsabile si chiama Ehec, meglio noto con il nome di Escherichia coli”.

NO. E. coli (signor giornalista, nella nomenclatura E. coli, “coli” si scrive con la “c” minuscola), inteso come il ceppo classico di laboratorio K12-MG1655, è un batterio innocuo che vive nel nostro intestino pacificamente, addirittura procurandoci vitamina K2 e difendendoci da altri batteri cattivi.
Quello di cui si parla nell’articolo è il famigerato Escherichia coli O157:H7 enteroemorragico (EHEC = Enterohemorrhagic E. coli), della grande famiglia dei coli, ma che presenta qualche piccola differenza: causa diarrea emorragica e danni ai reni, di solito in anziani e bambini.

La virulenza è data da una catalasi periplasmatica che ne aumenta la resistenza allo stress ossidativo, ma soprattutto dalla capacità di produrre una tossina shiga-like che blocca la subunità 60S dei ribosomi delle cellule eucariotiche causandone di fatto la morte.
O157 è il numero dell’antigene della parete cellulare, H7 quello dell’antigene flagellare. Sono stati isolati centinaia di sierotipi di E. coli, quasi tutti innocui o persino benefici per l’uomo.

(Specificare questo dettaglio è FONDAMENTALE. Quando sei un giornalista che parla a milioni di persone ignoranti come capre e dici: “Escherichia coli causa diarrea emorragica e uccide”, e qualche giorno dopo: “il nuovo vaccino per l’influenza è prodotto con Escherichia coli geneticamente modificato”, la gente cosa credi che penserà???)

Alcuni invece sono passati al lato oscuro e ci causano malattie.

Alcuni esempi:
Enterohemorrhagic E. coli (EHEC)
Enterotoxigenic E. coli (ETEC)
Enteropathogenic E. coli (EPEC)
Enteroinvasive E. coli (EIEC)
Enteroaggregative E. coli (EAEC)

Come si passa al lato oscuro?
La risposta (in parte e volendo semplificare) è: pathogenicity islands.


Cosa sono le PAI?
Sono “isole” di DNA che codificano per fattori di virulenza (quelle proteine essenziali per ingresso nell’ospite, sopravvivenza, elusione delle difese immunitarie, interazione, attacco, riproduzione, uscita), di solito acquisite per trasferimento genico orizzontale, facilmente riconoscibili perché clusterizzate e perché presentano caratteristiche diverse dal contesto genomico (diverso %GC, diverso codon usage, tRNA specifici, profagi, siti di ricombinazione, DNA ripetitivo, elementi mobili).

(facepalm paura: mentre cercavo immagini ho trovato su un sito di news: “[…] sfruttati dal virus killer Ehec.”, con addirittura virus in grassetto! Ennesima coronaria che salta.)

Moar info su coli da wiki.
Articolo con analisi genomica comparativa di 61 ceppi di coli.
Articolo con analisi genomica del EHEC.

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